Nous sommes en 2552 et les hommes ont commencé la colonisation de la galaxie. Lempire planétaire est entré dans une guerre impitoyable contre une race daliens connue sous le nom de Covenant. Lévolution technologique des Covenants est bien supérieure à celle des humains et ceux-ci sont bien moins nombreux et moins puissants que leurs adversaires. Des planètes entières sont détruites et des billions dêtres humains sont morts. Il ne faudra pas longtemps aux Covenants pour trouver la Terre, source et berceau de l'humanité, et la détruire.
La planète humaine la plus récemment découverte par la flotte des Covenants est "Reach", et compte 700 millions dhabitants. Les Covenants lont complètement éradiquée et seul un petit groupe dhumains, embarqués dans un vaisseau, le Pillar of Autumn, pu échapper à la tuerie en espérant ainsi éloigner les aliens de la planète Terre. Dans une manoeuvre désespérée du commandant Jacob Keyes, léquipage se retrouva à faire un saut spatial aveugle, sans savoir où ils allaient se retrouver. Arrivés à destination, ils furent en face dune planète alien artificielle dune taille énorme, en orbite entre une planète gazeuse et sa Lune. Ils trouvèrent Halo, un anneau de 10 000 kilomètres de diamètre, avec une atmosphère respirable. Dans la partie intérieure de lanneau se trouvent des océans, des continents ainsi quune faune et une flore variées. Une planète habitable !
Malheureusement, les Covenants avec leur soif de destruction, les avaient devancés sur Halo. La bataille qui suivit détruisit le vaisseau humain près de Halo. Une partie des rescapés réussirent à séchapper sur la surface de la planète. Sur ordre du Capitaine Keyes, le dernier homme surivant qui faisait partie du projet SPARTAN-II, Master Chief, le mieux préparé à la guerre que les autres, fut sorti de son sommeil cryogénique. Master Chief commença alors une guérilla contre les Covenants, essayant de les empêcher de découvrir le secret de Halo.
Vous incarnez le Master Chief. Votre aventure peut commencer.